この問題はTree Style Tabが無い状態でも発生すると思います。現行のTST2.xはリンクのクリック操作は一切ハンドルしておらず、Firefoxが開く事にしたタブをイイ感じに制御する事に特化しています。なので、Firefoxがこのようなタブを開いてしまっている以上はTSTからはどうしようもないというのが現状です。
あるいは、存在するのかどうかも未調査ですが、このようなリンクをクリックした時はタブを開かないというような挙動を提供する事に特化したアドオンと併用するほかないと思います。
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